台兒統計研究員 宋展毓
2020/06/18
引言
根據英國胎兒醫學基金會(The Fetal Medicine Foundation, FMF)官方網站提供的線上頸部透明帶表現稽核,每個人都可以將自己的頸部透明帶(Nuchal Translucency, NT)和頭臀距(Crown-rump Length, CRL)的資料上傳進行稽核 [1]。另外他們也有提供範例資料可以下載,讓使用者可以上傳看稽核結果。
但可惜的是使用者上傳的資料數量必須得超過30筆,系統才會幫你審核表現;反之數量低於30就無法知道自己的數據分佈與表現。因此我根據Astraia官方提供的參考手冊 [2],將稽核的統計準則透過Rstudio的Shiny套件寫成網頁(https://chanyusung0508.shinyapps.io/Taiji-NT-Audit/),提供使用者在任何數量的資料情況下都可以上傳資料進行稽核,並且加入累積和曲線(Cumulative Sum, CUMSUM)達到即時監控資料品質目標。以下即為如何操作此網頁的教學:
圖(一):台兒頸部透明帶表現稽核網站首頁
01 資料準備
首先先把每個個案的NT與CRL資料儲存成csv檔,數值單位則是用毫米作為單位。csv檔案中將欄位抬頭分別輸入NT與CRL,資料事前準備到這邊就完成了!詳細的資料格式可以配合圖(二)中的紅色框框作為標準。我們也額外提供範例資料給使用者下載,可以將資料下載後將當中的資料刪除,使用自己的資料取代,如圖(三)。
圖(三):下載範例資料
02 上傳資料與選擇資料
資料準備好後,我們點Browse挑選自己建立的csv檔等待上傳完畢,上傳完成的資料就會出現介面的右手邊,如圖(四)。
圖(四):上傳資料按鍵
在上傳自己的資料之前,我們已經在網站上提供了範例資料,使用者可以先用此資料熟悉後續的操作與介面,等比較了解後再選擇自己的資料進行上傳,如圖(五)是挑選範例資料的示意圖。
圖(五):挑選自行上傳的資料或是範例資料
03 統計分析
確定要進行稽核的資料後,點選介面上「Summary」分頁並且點下「Run」按鈕,可以得到資料的分佈圖(Distribution Plot)與準確盒狀圖(Accuracy Box Plot),資料的統計量則是會顯示在「Accuracy Result」的表格中,如圖(六)所示。
圖(六):執行資料分析與分析結果表
NT證照是否通過的標準如下:
1. Number of cases ≥ 30
2. 40.0 ≤ % > Median ≤ 60.0
3. -2.5 ≤ Accuracy (Bias) ≤ 2.5
4. 0.7 ≤ Precision (SD) ≤ 1.3
5. Trend & P-value
a. P-value ≥ 0.05
b. If P-value < 0.05, then -0.003 ≤ Trend ≤ 0.003
04 頸部透明帶累積和品管圖
最後我們提供即時的頸部透明帶累積和品管圖,若是測量頸部透明帶的手法或是方法有偏誤,就會導致一直測量出比預期大或是小的值,因此使用者可以透過這張圖來了解收案情況。以圖(七)為範例,這位測量者大約在測量數20以前,測量出來的頸部透明帶都比預期的還低;從個案20以後才開始與參考值比較相近,個案30之後的頸部透明帶則是有比基準略大的趨勢。
圖(七):頸部透明帶累積和品管圖
結語
我們建構此網站給使用者能夠隨時檢視自己的頸部透明帶資料,而不用一定得搜集超過30個個案才交由FMF線上的品管審核或是FMF軟體檢驗自己在統計數值標準上是否有通過FMF的標準。另外配合頸部透明帶累積和品管圖進行即時的數據監控。
參考資料:
[2] Astraia 1.26 User manual